农户种养结构的变化可能导致投入品和剩余物使用的变化，从而引起面源污染问题。利用全国固定观察点的调查数据分析显示，从1986年到2017年，中国农户层面既种又养的比例从71.24%下降到12.15%；对比分析发现，既种又养的农户化肥施用量低于纯种植户，表明粪肥对化肥具有一定的替代作用，但这种替代作用在逐步减弱，对尿素的替代从最高的18.57%下降到2.99%；且随着“猪地比”的上升农户的化肥用量也呈上升趋势，表明农户施用粪肥的意愿减弱，反而造成化肥过度使用、粪污排放的双重污染。机械替代役畜、外出务工取代饲养家畜的收入、农村劳动力价格上涨是驱动农户种养分离的关键因素。